一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
凡例八则卷一总论脉学源流定脉部位尺寸解六部脉解左心膻中肝胆肾小肠、右肺胸中脾胃命大肠·辨定至数二十七脉名目有胃气者生脉贵有神读缓字法四时平脉浮、沉、迟、数四大纲浮沉迟数对待总论微与细对微细虚与实对虚实
素灵微蕴序素灵微蕴卷一胎化解脏象解经脉解营卫解脏候解素灵微蕴卷二五色解五声解问法解诊法解医方解素灵微蕴卷三齁喘解吐血解惊悸解悲恐解飧泄解肠澼解脾胃解火逆解素灵微蕴卷四消渴解气鼓解噎膈解反胃解中风解带下
重刊宋本洪氏集验方序重刊宋本洪氏集验方后叙卷第一治痢肉豆蔻散祛疟散大交泰丹混元胎丹还少丹琼玉膏一粒金丹神妙六逸丸铁瓮申先生交感丹降气汤牙药卷第二（痈疽）化毒排脓内补散神授痈疽灵方治乳痈发背，诸般疮毒灵
第1部分第2部分
序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十附录附录
《本草纲目》简介《本草纲目》草部（一）甘草黄芪人参沙参荠苠桔梗长松黄精萎蕤知母肉苁蓉列当赤箭（天麻）术（白术）苍术狗脊贯众巴戟天远志淫羊霍仙茅玄参地榆丹参紫参紫草白头翁白及三七黄连胡黄连黄芩秦艽茈胡（
李序自序凡例卷一总论胎婴说护胎说脏腑生成说论儿之寿夭辨儿之变蒸卷二初生门初生保护附养子十法初生拭口初生断脐初生洗浴初生哺乳初生乳核初生剃头初生无皮初生胎黄初生胎赤初生不啼初生不乳初生不小便初生不大便初
十二经补泻温凉引经药歌
疔毒血痣骨槽风舌菌牙菌牙岩舌岩舌疳锁喉毒盘槽痈对口瘰失荣乳岩井疽蔽骨疽石疽疵疽附骨疽串臂漏肛漏肝痈附论肺痈漫心痈马刀肾俞发少腹痈缩脚痈流注肾岩脱囊伏兔痈眼胞痰瘤脾肚发肠覃胃脘痈舌根痈鹤膝风附论麻风论鸡